Pondok Pesantren “Darussalam” yang terletak di Dukuhwaluh, Kembaran, Banyumas mula-mula dirintis oleh KH. Drs. Chariri Shofa, M. Ag. dan H. Djoko Sudantoko, S.Sos., M.M. (mantan Bupati Banyumas) pada bulan Dzulhijjah 1415 H bertepatan dengan bulan Mei 1994 M. Pada saat itu di pemondokkan Haji Makkah mereka sepakat untuk melangsungkan kemabruran hajinya dengan cara mendirikan pondok pesantren atau lembaga pendidikan Islam.
Rencana itu terus berlanjut dengan pencarian lokasi dan penyediaan tanah lahan pembangunan seluas 7090 m2 (tujuh ribu Sembilan puluh meter persegi) oleh Cristian Bayu Aji (Putra Bupati Banyumas) pada tahun 1996. Pada saat itu pembangunan asrama putra lantai pertama dan rumah ta’mir mulai dibangun oleh Cristian Bayu Aji, sambil mengurus sertifikat tanah di BPPN yang akan diserahkan kepada pengurus yayasan.
Pada tahun 1997 mereka berdua sepakat untuk mendidikan sebuah yayasan bernama “Darussalam” di bawah Notaris Turman, S.H. dengan personalia Badan Pendiri:
- H. Djoko Sudantoko, S.Sos., M.M. (Bupati Banyumas)
- Hj. Indarwati Djoko Sudantoko (Istri Bupati)
- KH. Drs. Chariri Shofa, M.Ag. (Dosen STAIN Purwokerto)
- H. Prof. M. Tholib, S.E. (Dekan Fak. Ekonomi Unsoed)
- H.A. Yani Nasir, S.H. (Pengusaha Purwokerto
Pada bulan Februari 1998, Djoko Sudantoko, S.Sos. M.M. diangkat menjadi Wagub II Bidang Pembangunan dan Ekonomi Jawa Tengah di Semarang sehingga berbagai hal berkenaan dengan pembangunan pondok pesantren dan semua aktifitas yayasan “Darussalam” diserahkan kepada pengurus yang berdomisili di Purwokerto yang dipimpin oleh KH. Drs. Chariri Shofa, M.Ag. membidangi aktifitas dan H. A. Yani Nasir, S.H. yang membidangi pembangunan fisik.
Aktifitas dan pembangunan itupun berjalan bersama dari waktu ke waktu setapak demi setapak. Sejak bulan Syawal 1419 H / 1 Februari 1998 diadakan pengajian rutin selapanan Senin Wage malam Selasa Kliwon. Pembangunan fisikpun terus berjalan dan pada tanggal 6 Muharram 1424 H bertepatam dengan 9 Maret 2003 diresmikanlah Masjid Abu Bakar Siddiq Yayasan Darussalam seluas 1824 m2 yang menghabiskan dana sekitar Rp. 302.750.000,00. Selanjutnya pada hari Jumat 16 Shafar 1424 H bertepatan dengan tanggal 16 April 2003 M dimulailah jamaah shalat Jumat untuk yang pertama kali. Kemudian pada tanggal 1 Jumadil Awal 1424 H bertepatan dengan 1 Juli 2003 M dibukalah Madrasah Diniyah / TPQ.